Sesenta y siete años después de los eventos de la Era Subterránea en juegos anteriores, la segunda corporación más grande de la Tierra, Zio Matrix, adquiere planes para un proyecto de investigación en Marte, que se remonta antes de la Gran Destrucción. Utilizando estos planes, Zio envía un equipo de investigación a Marte para comenzar el Proyecto Terraformación, que hace que la superficie y la atmósfera marcianas se aproximen a las de la Tierra. Otras corporaciones se enteran del proyecto y siguen rápidamente a Zio Matrix, trayendo consigo el entorno competitivo que existía en la Tierra y el empleo de los mercenarios de Nerve Concord.

Cuando la guerra de las tres compañías llega a su fin, la más poderosa, Zio Matrix, intenta un golpe de estado contra el gobierno, que ha recuperado el control a través de su equipo de mercenarios de élite, The Frighteners, dirigido por Leos Klein. Pero en el caos que sigue, los asustadores se vuelven contra el gobierno, asesinan al nuevo líder de la LCC y toman el control de la poderosa tecnología de desorden. El personaje del jugador tiene la tarea de confrontarlos y salvar a la población humana de Marte.