A lo largo del juego, el jugador controla directamente al personaje en pantalla desde una perspectiva en tercera persona para interactuar con personas, objetos y enemigos. A diferencia de los juegos anteriores de la serie, el jugador también puede controlar la cámara con el stick analógico derecho, lo que permite una vista de 360 ​​° de los alrededores. Mientras esté en pueblos y ciudades, el jugador solo puede ver desde la perspectiva de Vaan, pero cualquier personaje puede ser controlado en el campo. El mundo de Final Fantasy XII se representa a escala en relación con los personajes que contiene; en lugar de una caricatura del personaje deambulando por terrenos en miniatura, como se encontró en los juegos anteriores de Final Fantasy, cada área se representa proporcionalmente. El jugador navega por el mundo exterior a pie, Chocobo o en dirigible. Los jugadores pueden guardar su juego en una tarjeta de memoria usando guardar cristales o cristales de puerta, y pueden usar este último para teletransportarse entre cristales de puerta. Un bestiario en el juego proporciona información incidental sobre el mundo de Final Fantasy XII.

Final Fantasy XII reestructura el sistema de ganar gil, la moneda de los juegos de Final Fantasy; en lugar de gil, la mayoría de los enemigos sueltan "botines" que se pueden vender en las tiendas. Esto se relaciona con una nueva mecánica de batalla que recompensa al jugador con un botín mejorado por matar a un tipo particular de enemigo varias veces seguidas. La venta de diferentes tipos de botín también desbloquea una opción de bazar en las tiendas, que proporciona artículos a un costo menor, o artículos exclusivos del bazar.