El objetivo de Harvest Moon: Save the Homeland es encontrar una manera de evitar que el pueblo se convierta en un centro turístico para fin de año. Hay 9 formas posibles de salvar la aldea dependiendo de las elecciones que haga el jugador, como los aldeanos con los que se hace amigo. Para la mayoría de los finales, el personaje está involucrado en una búsqueda (desenterrando un tesoro, buscando ingredientes mágicos, etc.).

Después de llegar a un final, el jugador tiene la opción de reiniciar el juego para tratar de "salvar la patria" nuevamente, posiblemente logrando un final diferente. Al reiniciar el año, el jugador puede quedarse con el dinero y los animales ganados. Cada vez que el jugador encuentra un nuevo final, se guarda en la Lista de finales, y el jugador recibe los perfiles de los aldeanos involucrados en ese final.

Al igual que otros juegos de Harvest Moon, el jugador debe cuidar su granja cultivando y vendiendo cosechas y recolectando productos de sus animales. A diferencia de los otros juegos de Harvest Moon, el matrimonio y la paternidad no se incluyen como opciones.