La jugabilidad de Super Bust-A-Move es esencialmente la misma que el resto de la serie. Otorga algunas mejoras audiovisuales, agrega y elimina elementos de juego, agrega un nuevo estilo de arte y agrega una nueva lista de personajes. Tiene modos para un jugador, entrenamiento, competición por computadora y dos jugadores. Nuevo en este juego son las burbujas de gran tamaño y un modo de cooperación para dos jugadores, en el que los jugadores trabajan juntos para resolver un escenario.